W 1073 roku Gongjue Jiebu z rodziny Kun, aby nauczać swojej nowej ezoterycznej doktryny buddyjskiej, wybudował klasztor na północnym brzegu rzeki Zongqu. Był przekonany, że klasztor wybudowany w takim miejscu pomoże oświecić przyziemny świat. Ponieważ klasztor wybudowano na kredowym wzgórzu, nazwano go Sakya, co po tybetańsku oznacza kredową ziemię. Kiedy Sakya (powszechnie zwany Północną Świątynią) nie wystarczał już wpływowemu Sakya, na południowym brzegu rzeki Zongqu wybudowano większy klasztor (istniejący do dziś). Wybudował go dom Kun oraz Pagpa, znany na mongolskim dworze cesarskim XIII wieku Tybetańczyk.
Klasztor ten (znany powszechnie jako Południowy Sakya) położony jest na tle ośnieżonych szczytów górskich 165 kilometrów na zachód od Shigatse. W 1260 roku Pagpa został mianowany tutorem imperium. Później odpowiadał za sprawy buddyzmu. Ostatecznie Kublai Khan mianował go władcą Tybetu.Odwiedzając tą ogromną budowlę zobaczymy klasztor w imponującej kwadratowej cytadeli. Zewnętrzna ściana jest pomalowana na czerwono, biało i czarno. Każdy z tych kolorów reprezentuje inną postać Buddy. Stanowi to cechę charakterystyczną Sakya. Sala Lakang Qinmu, centralne miejsce kompleksu, zajmuje powierzchnię 5500 metrów kwadratowych i ma wysokość 10 metrów. Według kronik klasztornych sala miała 108 gigantycznych kolumn. Dziś zostało z nich tylko 40. Wokół kolumn krąży wiele anegdot. W całym kompleksie czuje się uroczystą powagę oraz ciężar historii.